根據《財政部 商務(wù)部 稅務(wù)總局關(guān)于研發(fā)機構采購設備增值稅政策的公告》（2023年第41號，以下簡(jiǎn)稱(chēng)41號公告）規定，稅務(wù)總局制定了《國家稅務(wù)總局關(guān)于修訂<研發(fā)機構采購國產(chǎn)設備增值稅退稅管理辦法>的公告》（以下稱(chēng)《公告》）。現解讀如下：
一、制發(fā)背景是什么？
為鼓勵科學(xué)研究和技術(shù)發(fā)展，促進(jìn)科技進(jìn)步，國家決定延續實(shí)施研發(fā)機構采購國產(chǎn)設備退還增值稅政策（以下簡(jiǎn)稱(chēng)研發(fā)機構退稅政策），財政部、商務(wù)部及稅務(wù)總局制發(fā)41號公告。確保研發(fā)機構退稅政策落實(shí)到位，稅務(wù)總局配套制發(fā)了《公告》，擬就相關(guān)征管事宜予以明確，以便征納雙方遵照執行。
二、具體適用范圍是什么？
《公告》明確，適用41號公告的研發(fā)機構采購國產(chǎn)設備退稅業(yè)務(wù)，按照本《公告》申報辦理退稅。
三、研發(fā)機構如何辦理采購國產(chǎn)設備退稅備案？
符合41號公告政策適用條件的研發(fā)機構，應于首次申報采購國產(chǎn)設備增值稅退稅時(shí)，憑《出口退（免）稅備案表》、研發(fā)機構資質(zhì)證明資料等，申請辦理退稅備案手續。需要提醒的是，《出口退（免）稅備案表》內容填寫(xiě)要真實(shí)、完整，其中，“企業(yè)類(lèi)型”應選擇“其他單位”，“出口退（免）稅管理類(lèi)型”應依據資質(zhì)證明材料填寫(xiě)“內資研發(fā)機構（簡(jiǎn)寫(xiě)：內資機構）”或“外資研發(fā)中心（簡(jiǎn)寫(xiě)：外資中心）”。
四、研發(fā)機構如何辦理采購國產(chǎn)設備退稅備案的變更和撤回？
（一）如何辦理備案變更。已辦理備案的研發(fā)機構，《出口退（免）稅備案表》中內容發(fā)生變更的，須自變更之日起30日內，持相關(guān)資料向主管稅務(wù)機關(guān)辦理備案變更。
（二）如何辦理備案撤回。研發(fā)機構發(fā)生解散、破產(chǎn)、撤銷(xiāo)以及其他依法應終止采購國產(chǎn)設備退稅事項的，應持相關(guān)資料向主管稅務(wù)機關(guān)辦理備案撤回。主管稅務(wù)機關(guān)應按規定結清退稅款后，辦理備案撤回。外資研發(fā)中心在退稅資格復審前，因自身條件發(fā)生變化，已不符合研發(fā)機構的條件，應自條件變化之日起30日內辦理退稅備案撤回。
五、研發(fā)機構如何進(jìn)行采購國產(chǎn)設備退稅申報？
研發(fā)機構申報采購國產(chǎn)設備退稅時(shí)，需提交《購進(jìn)自用貨物退稅申報表》、采購國產(chǎn)設備合同、增值稅專(zhuān)用發(fā)票等資料。可辦理的退稅額，為增值稅專(zhuān)用發(fā)票上注明的稅額。
六、研發(fā)機構辦理退稅的申報期限規定如何？
研發(fā)機構采購國產(chǎn)設備申報期限為采購國產(chǎn)設備之日（以發(fā)票開(kāi)具日期為準）次月1日起至次年4月30日前的各增值稅納稅申報期。
同時(shí)，為持續優(yōu)化營(yíng)商環(huán)境，更好服務(wù)市場(chǎng)主體，避免納稅人因未及時(shí)收齊退稅憑證而無(wú)法申報辦理退稅，根據《財政部 稅務(wù)總局關(guān)于明確國有農用地出租等增值稅政策的公告》（2020年第2號）第四條“納稅人出口貨物勞務(wù)、發(fā)生跨境應稅行為，未在規定期限內申報出口退（免）稅或者開(kāi)具《代理出口貨物證明》的，在收齊退（免）稅憑證及相關(guān)電子信息后，即可申報辦理出口退（免）稅”的規定,《研發(fā)機構采購國產(chǎn)設備增值稅退稅管理辦法》明確，若研發(fā)機構未能在規定的期限內申報退稅，待收齊憑證及信息后，仍可繼續申報辦理退稅。
七、稅務(wù)機關(guān)如何審核辦理退稅？
屬于增值稅一般納稅人的研發(fā)機構申報采購國產(chǎn)設備退稅，主管稅務(wù)機關(guān)經(jīng)審核符合規定的，應按規定辦理退稅。
研發(fā)機構申報采購國產(chǎn)設備退稅，如果發(fā)現“審核中發(fā)現疑點(diǎn)，經(jīng)核實(shí)仍不能排除疑點(diǎn)”“非增值稅一般納稅人申報退稅”等情形，主管稅務(wù)機關(guān)應采取發(fā)函調查或其他方式調查，在確認增值稅專(zhuān)用發(fā)票真實(shí)，且發(fā)票所列設備已由上游按規定申報納稅后，方可辦理退稅。
八、已退稅的國產(chǎn)設備轉移或移作他用如何處理？
已辦理增值稅退稅的國產(chǎn)設備，自增值稅專(zhuān)用發(fā)票開(kāi)具之日起3年內，設備所有權轉移或移作他用的，研發(fā)機構須按照規定向主管稅務(wù)機關(guān)補繳已退稅款。補繳已退稅款按以下方法計算：
應補繳稅款＝增值稅專(zhuān)用發(fā)票上注明的稅額×（設備折余價(jià)值÷設備原值）
設備折余價(jià)值＝增值稅專(zhuān)用發(fā)票上注明的金額-累計已提折舊
累計已提折舊按照企業(yè)所得稅法的有關(guān)規定計算。
九、如果研發(fā)機構發(fā)生違法違規，如何處理？
研發(fā)機構騙取采購國產(chǎn)設備增值稅退稅的，主管稅務(wù)機關(guān)應追回已退稅款，并依照稅收征管法的有關(guān)規定處理。研發(fā)機構涉及重大稅收違法失信案件被依法公布信息的，研發(fā)機構將停止享受采購國產(chǎn)設備退稅政策，并應及時(shí)辦理退稅備案撤回。
十、執行期限規定是什么？
修訂后的《研發(fā)機構采購國產(chǎn)設備增值稅退稅管理辦法》自2024年1月1日起施行，具體以增值稅發(fā)票的開(kāi)具日期為準。
